殼聚糖在酸性溶液中是不穩(wěn)定的，會發(fā)生長鏈的部分水解，即糖苷鍵的斷裂，形成各種相對分子質(zhì)量大小不等的片段，嚴(yán)重水解時(shí)則糖苷鍵完全斷裂，成為單糖——氨基葡萄糖。因此，早期的殼寡糖制備多采用酸水解方法，通過選擇酸以及控制酸水解的過程，獲得期望得到的分子量范圍的殼寡糖。
在上個(gè)世紀(jì)五六十年代，鹽酸和硫酸被用于殼聚糖的降解。Baker等早在1958年將殼聚糖溶解于鹽酸溶液中，在100℃條件下反應(yīng)，制備低聚殼聚糖。鹽酸降解法工藝操作簡單，但降解條件較難控制，操作環(huán)境污染嚴(yán)重，降解產(chǎn)品主要為單糖和雙糖，活性較高的寡糖含量較低。鑒于強(qiáng)酸對殼聚糖的降解過于劇烈，有人提出用醋酸、亞硝酸及磷酸等較弱的酸對殼聚糖進(jìn)行降解，但是該方法控溫比較麻煩，制備過程中污染也比較嚴(yán)重，且產(chǎn)率也不高。
氧化降解法是近年來國內(nèi)外研究比較多的殼聚糖降解方法，其中的H2O2氧化降解因成本低、降解速度快、產(chǎn)率高、對環(huán)境友好等優(yōu)點(diǎn)而倍受關(guān)注。H2O2降解法得到的產(chǎn)物分子量與反應(yīng)條件密切相關(guān)。升高溫度和提高H2O2濃度既可縮短反應(yīng)時(shí)間，又可以提高收率，但過高的溫度和過高的H2O2濃度使水解反應(yīng)過度，產(chǎn)物中單糖和二糖的比例較大，寡糖收率降低；反應(yīng)體系的pH值因影響殼聚糖的溶解情況，從而影響反應(yīng)速度。隨著研究的深入，人們也發(fā)現(xiàn)了H2O2降解法存在的問題。其一是氨基的損失，溫度升高或反應(yīng)時(shí)間延長，都會引起氨基含量迅速下降，即殼寡糖的結(jié)構(gòu)發(fā)生了改變。其二是降解過程后期的褐變，溶液顏色變深，影響產(chǎn)品品質(zhì)。
此外，人們也嘗試用一些物理方法降解殼聚糖，如利用加熱、加壓、微波、超聲、射線等物理方法。但這些物理方法降解效果差，很難得到聚合度為2個(gè)～10個(gè)單糖的殼寡糖。
生物降解法是利用酶降解殼聚糖制備殼寡糖的方法。該方法自20世紀(jì)80年代出現(xiàn)以來，得到了廣泛重視，國內(nèi)外研究十分活躍。生物降解法同化學(xué)降解法相比具有明顯的優(yōu)勢：一是反應(yīng)條件溫和，對設(shè)備要求不苛刻，二是降解過程及降解產(chǎn)物相對分子質(zhì)量分布易于控制，殼寡糖得率高，不造成環(huán)境污染；三是結(jié)合一些過程工程的技術(shù)，如固定化酶技術(shù)、超濾技術(shù)等，可以實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)的大規(guī)模的殼寡糖連續(xù)生產(chǎn)，因此酶降解法制備殼寡糖是最有前途的方法。
酶降解法有專一性酶降解法和非專一性酶降解法。專一性水解酶是利用以殼聚糖為專一性底物的酶，可以高選擇性地切斷殼聚糖的β-(1,4)-糖苷鍵，主要包括甲殼素酶、殼聚糖酶。專一性酶主要來源于細(xì)菌、真菌等微生物細(xì)胞，因來源有限，目前還不能大批量獲取，價(jià)格昂貴，難以商品化，所以尋找用于降解殼聚糖的非專一性酶極為重要。目前已知能降解殼聚糖的非專一性酶有三十多種，包括一些多糖酶、脂肪酶、蛋白酶、溶菌酶等，其中蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶和纖維素酶對殼聚糖的降解效果比較顯著。
除了在自然界中繼續(xù)篩選產(chǎn)酶活性較高的微生物菌種外，人們還利用基因工程手段，通過對產(chǎn)殼聚糖酶菌株的基因分析，運(yùn)用分子方法克隆并高效表達(dá)所選菌株的殼聚糖酶基因，以實(shí)現(xiàn)重組菌的殼聚糖酶高效表達(dá)。但這方面的工作依然處于實(shí)驗(yàn)室階段，沒有產(chǎn)業(yè)化方面的報(bào)道。
不同分子量的殼寡糖，其生理活性差異很大。因此，殼寡糖產(chǎn)品質(zhì)量的評價(jià)指標(biāo)，除了常規(guī)的一些指標(biāo)，如水分、灰分、糖含量等外，還必須檢測產(chǎn)品的分子量。該指標(biāo)包含了兩個(gè)含義：一是產(chǎn)品的平均分子量；二是產(chǎn)品中各聚合度寡糖的分布，即各聚合度寡糖的含量。通過該指標(biāo)的檢測，控制產(chǎn)品中有生理活性的殼寡糖的含量。產(chǎn)品中各聚合度寡糖含量的檢測，常用的方法是高效液相色譜法或質(zhì)譜法。